Les Petits Pingouins sont dénombrés à leurs colonies de nidification du Canada atlantique et du Québec. Le Programme de suivi des colonies d’oiseaux marins d'Environnement et Changement climatique Canada a enregistré d'importantes augmentations d’effectif depuis environ 1970. En raison de l'uniformité des hausses observées dans une grande partie de l'aire de repartition de l'espèce au Canada, cette évaluation est jugée fiable malgré la couverture incomplète de l'aire de répartition de l’espèce. Dans une étude sur l’état des populations des oiseaux de mer du Canada, les chercheurs ont conclu que le Petit Pingouin semble avoir été l’alcidé le plus prospère au cours des trois décennies ayant précédé l’étude (Gaston et al. 2009). Le Petit Pingouin se situe à un niveau acceptable par rapport à son objectif national de population (voir plus bas le graphique).
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