Au Canada, le Mergule nain se reproduit à notre connaissance seulement dans la partie est de l'île de Baffin, au Nunavut, où l’effectif est estimé à moins de 1 000 couples (Finley et Evans 1984, Montevecchi et Stenhouse 2002). En 1983, des chasseurs inuits ont déclaré que la colonie de la baie Home, au Nunavut, a été présente pendant toute leur vie (Finley et Evans 1984); il s’agit de la seule information dont on dispose actuellement concernant la population nicheuse canadienne. Les Mergules nains hivernent en bandes énormes au large des bords de plateaux océaniques, particulièrement le plateau des Grands Bancs, le plateau du Labrador et le plateau néo-écossais (Montevecchi et Stenhouse 2002). Les résultats du Recensement des oiseaux de Noël laissent penser que la population hivernante a connu une diminution importante (de 4,1 %/année; Meehan et al. 2018) par rapport aux années 1970, mais les tailles d’échantillon sont faibles, et les estimations sont imprécises et présentent de fortes fluctuations. Les données sont actuellement insuffisantes pour pouvoir décrire l’état de la population canadienne. Même l'état de la population mondiale, concentrée au Groenland, au Svalbard et dans l'Arctique russe, est mal connu (Petersen et al. 2008). En raison du manque d’information, une population nationale cible du Mergule nain n'a pas encore été déterminée.
