Les Macareux moines sont recensés grâce au Programme de suivi des colonies d’oiseaux marins réalisé par Environnement et Changement climatique Canada dans un certain nombre de grandes colonies de nidification du Canada atlantique et du Québec. Ces relevés ont révélé des tendances d’effectif variables. À l'île Gull, dans la baie Witless, à Terre-Neuve, l'effectif de Macareux moines a augmenté de plus de 100 % entre 1973 et 2003, mais plus au nord, dans les îles Gannet, au Labrador, il a légèrement diminué au cours d'une période similaire. Les colonies de la côte nord du Saint-Laurent ont diminué au cours des années 1990 (Lowther et al. 2002) et atteignent actuellement des niveaux inférieurs à ceux observés dans les années 1970. Toutefois, la population canadienne du Macareux moine a globalement connu une augmentation modérée depuis environ 1970, et elle a particulièrement augmenté au cours de la dernière décennie. Cependant, compte tenu du manque de données à jour pour certaines colonies, cette évaluation est considérée comme n'étant que moyennement fiable. Le Macareux moine se situe actuellement à un niveau acceptable par rapport à son objectif national de population (voir plus bas le graphique).
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