Le suivi de la Sterne arctique représente un défi important. Une grande partie de son aire de reproduction est éloignée, l’espèce est difficile à distinguer de la Sterne pierregarin, dont l’aire de reproduction chevauche la sienne, et les individus passent d’un lieu de reproduction à l’autre de façon imprévisible (Gilchrist et Robertson 1999). Les quelques indicateurs dont on dispose laissent penser que la population diminue dans l’Arctique, y compris dans la région du chenal Queens dans le centre de l’Extrême-Arctique (Maftei et al. 2015), ainsi qu’aux îles Belcher (Gilchrist et Robertson 1999). Des relevés côtiers régionaux des oiseaux aquatiques réalisés au Canada atlantique laissent penser que les effectifs de Sternes arctiques y demeurent apparemment stables, tout en présentant des fluctuations (Thomas et al. 2014, Ronconi et al. 2016). Étant donné que l'espèce n'est pas suivie de façon systématique dans la vaste majorité de son immense aire de reproduction, l’état de la population canadienne dans son ensemble demeure inconnu. Les évaluations futures de l’état de la population pourront être améliorées quand on disposera des résultats du Programme de surveillance régionale et internationale des oiseaux de rivage dans l’Arctique (PRISM dans l’Arctique). En raison du manque d'information, une population nationale cible de la Sterne arctique n'a pas encore été déterminée.
