Le Guillemot de Brünnich se reproduit en colonies très importantes et denses sur des falaises maritimes dans les eaux arctiques et subarctiques du Canada. Ces colonies, qui comptent jusqu'à un million de nicheurs, constituent les rassemblements d'oiseaux marins les plus importants au Canada. Des dénombrements spécialisés des colonies dans certaines parties de l'aire de reproduction canadienne de l'espèce laissent penser que la population a globalement connu peu de changement depuis 1970. L'espèce fait l'objet d'une chasse encadrée à Terre-Neuve-et-Labrador ainsi que d’une récolte d’adultes et d’œufs à des fins de subsistance au Nunavut, et elle est très vulnérable au mazoutage et à d’autres menaces anthropiques. Cependant, le statut de sa population apparaît actuellement comme étant en sécurité. Cette espèce a été identifiée comme étant une priorité de conservation et/ou d’intendance dans une ou plusieurs stratégies régionales de conservation des oiseaux au Canada.
Au Canada, des Guillemots de Brünnich et de œufs de l’espèce sont récoltés par des chasseurs autochtones dans de nombreuses zones de l’aire de reproduction de cet oiseau. Cette espèce est aussi chassée par des habitants du Groenland et de Terre-Neuve-et-Labrador. Il a été estimé que la récolte d’hivernants à Terre-Neuve-et-Labrador a déjà été de 600 000 à 900 000 oiseaux (Elliot et al. 1991), mais les prises sont aujourd’hui beaucoup moindres (Gaston et Robertson 2010). Dans les dernières années (de 2013 à 2017), les prises annuelles se sont généralement situées autour de 60 000 à 65 000 oiseaux, un maximum d’environ 95 000 ayant été atteint en 2016. Dans les années 1960, de grands nombres de Guillemots de Brünnich ont également été pris accidentellement dans des filets dérivants, mais le changement des pratiques de pêche a considérablement réduit ces prises accidentelles (Gaston et Hipfner 2000). L'espèce reste vulnérable à la pollution chronique et accidentelle par les hydrocarbures dans son aire d'hivernage. Les colonies situées plus au sud peuvent être touchées par les changements climatiques (Gaston et al. 2002).
Environnement et Changement climatique Canada et ses partenaires ont mis au point des Stratégies régionales de conservation des oiseaux dans chacune des Régions de conservation des oiseaux (RCO) au Canada. Dans ces stratégies, une espèce est identifiée comme étant prioritaire pour une ou plusieurs des raisons suivantes :
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