La Paruline à couronne rousse est une espèce abondante et répandue dans la forêt boréale du Canada à l'est des montagnes Rocheuses. Le Relevé des oiseaux nicheurs et les Atlas des oiseaux nicheurs des Maritimes, du Québec et de l'Ontario donnent à penser que la population et/ou la répartition de l'espèce ont connu une croissance régulière depuis environ 1970. Il existe actuellement peu de menaces connues qui pèsent sur l'espèce, ni sur ses aires de reproduction ni sur ses aires d'hivernage. La responsabilité du Canada quant à cette espèce est très élevée, car on estime qu'il représente 100 % de la population nicheuse mondiale. Cette espèce a été identifiée comme étant une priorité de conservation et/ou d’intendance dans une ou plusieurs stratégies régionales de conservation des oiseaux au Canada.
La capacité d'adaptation de la Paruline à couronne rousse aux habitats plus secs (souvent crées à la suite d'activités de coupe à blanc) pourrait avoir rendu l'espèce plus abondante dans ces zones ([ref:15832]). L'espèce semble exceptionnellement sujette aux collisions avec les tours et les structures hautes illuminées (Wilson 2013), ce qui entraîne une augmentation de la mortalité par rapport à d'autres espèces. Dans le sud du Canada, la Paruline à couronne rousse niche localement dans des tourbières. Au Québec, l'habitat de tourbière est en déclin à cause de l'industrie de la tourbe, de l'agriculture et de projets hydroélectriques (Desrochers et al. 1998). Toutefois, à l'heure actuelle, les populations semblent à la hausse, et il y a peu de préoccupations importantes quant à la conservation de l'espèce.
Environnement et Changement climatique Canada et ses partenaires ont mis au point des Stratégies régionales de conservation des oiseaux dans chacune des Régions de conservation des oiseaux (RCO) au Canada. Dans ces stratégies, une espèce est identifiée comme étant prioritaire pour une ou plusieurs des raisons suivantes :
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