Le Busard Saint-Martin est largement réparti dans l'ensemble du Canada et niche au sol dans les terres humides et les prairies où la végétation est dense. L'espèce est bien surveillée par le Relevé des oiseaux nicheurs, et les résultats indiquent une diminution modérée étendue de la population depuis environ 1970. L'espèce est vulnérable à l'exposition aux pesticides et a également souffert du drainage à grande échelle des terres humides. Cette espèce a été identifiée comme étant une priorité de conservation et/ou d’intendance dans une ou plusieurs stratégies régionales de conservation des oiseaux au Canada.
À l'instar de nombreux oiseaux de proie, le Busard Saint-Martin a connu un échec de la reproduction et une baisse de la population au milieu du XXe siècle à la suite de l'application de pesticides organochlorés (Smith et al. 2011). À l'heure actuelle, la perte et la dégradation de l'habitat constituent des menaces importantes à la conservation de l'espèce. De plus, la perte de milieux humides d'eau douce et estuariens, la perte d'habitat de prairies ouvertes et l'intensification agricole réduiraient la disponibilité des proies et la disponibilité d'habitat de nidification convenable et sécuritaire (Smith et al. 2011). Les effets des changements climatiques (p. ex. conditions plus chaudes et sèches) pourraient possiblement entraîner des changements de la disponibilité spatiale et temporelle de l'habitat de milieux humides dans l'aire de répartition de l'espèce (Thompson et al. 2017). Le Busard Saint-Martin peut présenter des comportements nomades dans sa recherche d'habitat d'alimentation et de nidification convenables.
Environnement et Changement climatique Canada et ses partenaires ont mis au point des Stratégies régionales de conservation des oiseaux dans chacune des Régions de conservation des oiseaux (RCO) au Canada. Dans ces stratégies, une espèce est identifiée comme étant prioritaire pour une ou plusieurs des raisons suivantes :
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