Le Bruant de Lincoln est très abondant et répandu dans la forêt boréale du Canada; il est particulièrement présent à l'ouest et au nord des régions subboréales, boréales et subarctiques. Les résultats du Relevé des oiseaux nicheurs laissent penser qu'il y a peu de changement de la population par rapport à environ 1970. Cependant, le Relevé couvre seulement une portion de l'aire de répartition. La responsabilité du Canada quant à cette espèce est très élevée, car on estime que plus de 80 % de la population nicheuse mondiale y réside. Cette espèce a été identifiée comme étant une priorité de conservation et/ou d’intendance dans une ou plusieurs stratégies régionales de conservation des oiseaux au Canada.
On a déterminé peu de préoccupations urgentes quant à la conservation de cette espèce. Étant donné que cet oiseau utilise les habitats pionniers formés d'arbustes et de tourbière, il est peu probable que les activités d'exploitation forestière soient excessivement nuisibles à l'espèce (Erskine 1992), et il se peut même qu'elles leur soient favorables. En fait, le nombre d'individus est probablement plus élevé à l'heure actuelle qu'avant la colonisation européenne à cause de l'ouverture des bordures de forêts, la coupe à blanc et la croissance d'arbustes qui s'en suit ainsi que la croissance d'arbustes liée à l'abandon des terres agricoles (Ammon 1995).
Environnement et Changement climatique Canada et ses partenaires ont mis au point des Stratégies régionales de conservation des oiseaux dans chacune des Régions de conservation des oiseaux (RCO) au Canada. Dans ces stratégies, une espèce est identifiée comme étant prioritaire pour une ou plusieurs des raisons suivantes :
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