Le Passerin indigo est une espèce qui se trouve communément dans les vieux champs, les bordures des régions boisées arbustives et les lisières de forêt le long de la frontière sud-est du Canada. Le Relevé des oiseaux nicheurs indique que la population a connu une hausse globale depuis 1970. Néanmoins, un déclin des effectifs au Canada au cours des 10 dernières années et des déclins à long terme aux États-Unis pourraient susciter des préoccupations, car la perte et la dégradation d'habitat peuvent menacer la stabilité de la population à la limite nord de son aire de répartition.
Comme de nombreux autres oiseaux chanteurs qui préfèrent les arbustes et qui ont profité de l'exploitation forestière et du défrichement des forêts aux fins d'agriculture et de construction de routes, le Passerin indigo a étendu son aire de répartition et s'est multiplié au cours du XXe siècle (Payne 2006). Bien que sa population soit encore en hausse au Canada, elle est maintenant en baisse dans certaines parties de son aire de répartition aux États-Unis. Parmi les menaces qui pèsent sur l'espèce figurent la perte d'habitat due à la succession naturelle, le reboisement, l'intensification de l'agriculture, le fauchage du bord des routes et l'urbanisation sur ses lieux de reproduction. Sur ses lieux d'hivernage, en Amérique centrale, il peut également être capturé pour être consommé ou pour être mis en cage (Payne 2006).
Environnement et Changement climatique Canada et ses partenaires ont mis au point des Stratégies régionales de conservation des oiseaux dans chacune des Régions de conservation des oiseaux (RCO) au Canada. Dans ces stratégies, une espèce est identifiée comme étant prioritaire pour une ou plusieurs des raisons suivantes :
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