Le Faucon gerfaut niche dans des habitats de toundra éloignés du Nord canadien. Le Recensement des oiseaux de Noël au Canada, qui couvre une portion de la partie sud de l'aire d'hivernage du Faucon gerfaut, indique que la taille des populations hivernantes a augmenté de façon modérée depuis environ 1970. Toutefois, en raison du manque de données tirées de la majorité de l'aire de répartition de l'espèce, celle-ci est classée dans la catégorie « données insuffisantes ». Les changements climatiques pourraient devenir une préoccupation importante en ce qui concerne la conservation du Faucon gerfaut, étant donné sa spécialisation en matière d'habitats arctiques et de proies (Booms et al. 2008). Cette espèce a été identifiée comme étant une priorité de conservation et/ou d’intendance dans une ou plusieurs stratégies régionales de conservation des oiseaux au Canada.
Comme il niche dans le Grand Nord et qu'il s'aventure rarement dans les paysages plus développés des latitudes tempérées, le Faucon gerfaut n'a pas été aussi sérieusement touché par les pesticides (p. ex. le DDT) que le Faucon pèlerin (Booms et al. 2008). Ces oiseaux sont toujours utilisés par les fauconniers, mais la collecte est strictement réglementée et n'a pas eu de répercussions sur les populations en Amérique du Nord (Booms et al. 2008). En tant que spécialiste de l'Arctique, le Faucon gerfaut est vulnérable aux effets des changements climatiques dans le Nord (Booms et al. 2008).
Environnement et Changement climatique Canada et ses partenaires ont mis au point des Stratégies régionales de conservation des oiseaux dans chacune des Régions de conservation des oiseaux (RCO) au Canada. Dans ces stratégies, une espèce est identifiée comme étant prioritaire pour une ou plusieurs des raisons suivantes :
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