La Mésange à tête noire est une des espèces d’oiseaux sédentaires les plus répandues au Canada, nichant des forêts du Nord jusqu’aux des banlieues du Sud. Le Relevé des oiseaux nicheurs indique que les populations au Canada ont augmenté un peu à long terme depuis 1970. Au niveau régional, les tendances de la population varient des diminutions à long terme en Colombie-Britannique à des augmentations dans l’Est.
On pense que la Mésange à tête noire a bénéficié de la déforestation pour l'agriculture et de la prolifération des mangeoires et des nichoirs (Smith 1993). Toutefois, l'élimination des chicots et du bois mort réduit la disponibilité de sites de nidification, ce qui pourrait avoir une incidence négative sur l'espèce dans certaines régions (Smith 1993). Des études ont montré une corrélation entre les déclins récents de la population de mésanges qui correspondent à l'apparition et à la propagation du virus du Nil occidental en Amérique du Nord en 1999 (LaDeau et al. 2007), mais ceci ne semble pas avoir affecté la population à long terme.
Environnement et Changement climatique Canada et ses partenaires ont mis au point des Stratégies régionales de conservation des oiseaux dans chacune des Régions de conservation des oiseaux (RCO) au Canada. Dans ces stratégies, une espèce est identifiée comme étant prioritaire pour une ou plusieurs des raisons suivantes :
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