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Au Canada, le Guillemot marmette se trouve principalement dans le Canada atlantique mais également en petits nombres le long des côtes de la Colombie-Britannique. Les tendances de la population varient d'une colonie à l'autre mais dans l'ensemble, la population au Canada semble avoir peu changé comparativement à 1970 environ. Les Guillemots marmettes sont très vulnérables à la pêche au filet maillant et à la pollution par les hydrocarbures. Ces deux activités anthropiques occasionnent un taux de mortalité important des guillemots. Cette espèce a été identifiée comme étant une priorité de conservation et/ou d’intendance dans une ou plusieurs stratégies régionales de conservation des oiseaux au Canada.
Les captures accidentelles d’oiseaux de mer par les pêcheurs constituent un important problème de conservation, et le Guillemot marmette représente la majorité de ces captures signalées. Dans le Pacifique, les filets maillants utilisés pour le saumon entraînent toujours des répercussions considérables (Ellis et al. 2013). Dans le Canada atlantique, la pêche au filet maillant a été considérablement réduite depuis les années 1990, mais la mortalité due à l'enchevêtrement est toujours importante (Gaston et al. 2009). Les guillemots sont également très vulnérables à la pollution chronique et accidentelle par les hydrocarbures. Auparavant, au large des côtes de Terre-Neuve, les taux de mazoutage étaient un des plus élevés au monde (Wiese et Ryan 1999) mais ils ont baissé depuis les années 1990 (Wilhelm et al. 2009). Cependant, en raison de l'augmentation de l'exploitation pétrolière dans le Canada atlantique, les risques de pollution accidentelle par les hydrocarbures sont élevés. Les guillemots sont chassés par les résidants de Terre Neuve et Labrador et les Autochtones depuis des générations. De 600 000 à 900 000 guillemots étaient abattus chaque année durant les années 1970 et 1980, mais les prises annuelles totales varient actuellement de 200 000 à 400 000 individus. Les guillemots pourraient cependant aussi faire l’objet d’une chasse illégale, qui nuirait à ses populations (Comité sur la sauvagine du SCF 2014).
Environnement et Changement climatique Canada et ses partenaires ont mis au point des Stratégies régionales de conservation des oiseaux dans chacune des Régions de conservation des oiseaux (RCO) au Canada. Dans ces stratégies, une espèce est identifiée comme étant prioritaire pour une ou plusieurs des raisons suivantes :
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