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Le Moucherolle des aulnes est une espèce nicheuse abondante et répandue au Canada, du territoire du Yukon à Terre-Neuve-et-Labrador. Le Relevé des oiseaux nicheurs indique que la population canadienne a connu une baisse modérée depuis 1970, encore que ce résultat soit lourdement influencé par une baisse apparente importante dans une seule région. L'espèce est vraisemblablement plus courante aujourd'hui que par le passé en raison de l'ouverture des milieux secs propices par la foresterie et de l'agriculture au cours de la période de peuplement (Lowther 1999). Actuellement, les menaces qui pèsent sur les aires de reproduction semblent minimes. Cette espèce a été identifiée comme étant une priorité de conservation et/ou d’intendance dans une ou plusieurs stratégies régionales de conservation des oiseaux au Canada.
À l'heure actuelle, le Moucherolle des aulnes semble être à l'abri des menaces importantes, en raison de la stabilité générale de sa population et de l'absence d'enjeux connus au niveau des aires de reproduction ou d'hivernage. La baisse de population apparente importante des populations de la région de conservation des oiseaux des plaines de la taïga boréale représente une source possible de préoccupation. Cependant, il peut s'agir d'un artéfact de la couverture relativement peu dense du Relevé des oiseaux nicheurs dans cette région. L'écologie des populations non reproductrices de cette espèce est mal comprise, en partie parce que cette espèce est difficile à distinguer du Moucherolle des saules dans les aires d'hivernage du nord de l'Amérique du Sud (Lowther 1999).
Environnement et Changement climatique Canada et ses partenaires ont mis au point des Stratégies régionales de conservation des oiseaux dans chacune des Régions de conservation des oiseaux (RCO) au Canada. Dans ces stratégies, une espèce est identifiée comme étant prioritaire pour une ou plusieurs des raisons suivantes :
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