Le Moucherolle des aulnes est une espèce nicheuse abondante et répandue au Canada, du Territoire du Yukon jusqu'à Terre-Neuve-et-Labrador. Le Relevé des oiseaux nicheurs indique que la population nationale a peu changé dans l'ensemble depuis 1970. L'espèce est probablement plus courante aujourd'hui en raison de l'ouverture d'habitats secs propices par l'exploitation forestière et l'agriculture au cours de la période de la colonisation (Lowther 1999). Il semble y avoir actuellement peu de menaces majeures dans les aires de reproduction. Cette espèce a été identifiée comme étant une priorité de conservation et/ou d’intendance dans une ou plusieurs stratégies régionales de conservation des oiseaux au Canada.
Le Moucherolle des aulnes semble actuellement à l'abri des menaces importantes, car sa population est généralement stable et il n'y a pas de problèmes connus dans les aires de reproduction ou d'hivernage. L'écologie des populations non reproductrices de cette espèce est mal comprise, en partie parce que cette espèce est difficile à distinguer du Moucherolle des saules dans les aires d'hivernage du nord de l'Amérique du Sud (Lowther 1999).
Environnement et Changement climatique Canada et ses partenaires ont mis au point des Stratégies régionales de conservation des oiseaux dans chacune des Régions de conservation des oiseaux (RCO) au Canada. Dans ces stratégies, une espèce est identifiée comme étant prioritaire pour une ou plusieurs des raisons suivantes :
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