Le Petit pingouin se reproduit dans le Canada atlantique et le golfe du Saint-Laurent; de plus petits nombres d'individus atteignent le littoral du Bas-Arctique au Nunavut et au Nunavik. Des relevés effectués dans les colonies de nidification ont enregistré des hausses importantes de l'abondance de la population depuis 1970 environ. Au cours des dernières décennies, les réductions des prises accessoires liées à la pêche ont peut-être agi comme un facteur favorisant ces hausses. Cette espèce a été identifiée comme étant une priorité de conservation et/ou d’intendance dans une ou plusieurs stratégies régionales de conservation des oiseaux au Canada.
Les Petits Pingouins sont susceptibles de s'empêtrer dans les engins de pêche, en particulier dans les filets maillants. Le moratoire sur la pêche au poisson de fond ainsi que la fermeture subséquente de nombreuses pêches au filet maillant au Canada atlantique ont probablement profité à l'espèce (Benjamins et al. 2008). De même, la fermeture de la pêche du saumon de l'Atlantique au filet maillant le long de la côte nord du golfe du Saint-Laurent, au Québec, pourrait avoir contribué aux hausses d’effectif du Petit Pingouin observées à cet endroit depuis les années 1990 (Lavers et al. 2009). Cependant, le chevauchement de l'aire de reproduction de l’espèce avec des zones où l'activité pétrolière s'intensifie soulève des inquiétudes en raison de la forte vulnérabilité de cet oiseau à l’égard de la pollution petrolière (Lavers et al. 2009). Au nombre des autres menaces pesant sur l’espèce, on compte les prises accessoires durant la saison de chasse aux guillemots à Terre-Neuve-et-Labrador, ainsi que la predation exercée par les renards aux colonies de nidification (Lavers et al. 2009).
Environnement et Changement climatique Canada et ses partenaires ont mis au point des Stratégies régionales de conservation des oiseaux dans chacune des Régions de conservation des oiseaux (RCO) au Canada. Dans ces stratégies, une espèce est identifiée comme étant prioritaire pour une ou plusieurs des raisons suivantes :
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