Présent partout dans le monde, le Faucon émerillon est courant et répandu dans les forêts ouvertes du Canada. Au cours des 30 dernières années, il est devenu plus répandu en milieux urbains (Warkentin et al. 2005). Le Relevé des oiseaux nicheurs et le Recensement des oiseaux de Noël indiquent une augmentation importante de la population canadienne de cette espèce depuis 1970 environ. À l'heure actuelle, peu de menaces semblent peser sur l'espèce. Cette espèce a été identifiée comme étant une priorité de conservation et/ou d’intendance dans une ou plusieurs stratégies régionales de conservation des oiseaux au Canada.
Les populations de Faucons émerillons ont probablement été réduites par les pesticides organochlorés utilisés dans les années 1950 et 1960, et les augmentations de populations observées depuis pourraient représenter un retour aux niveaux antérieurs (Warkentin et al. 2005). Les menaces semblent actuellement peu nombreuses, bien que la perte d'habitat, la destruction des brise-vents et des vieux sites agricoles en particulier, pourrait entraîner des changements ou des pertes de population au niveau local (Warkentin et al. 2005).
Environnement et Changement climatique Canada et ses partenaires ont mis au point des Stratégies régionales de conservation des oiseaux dans chacune des Régions de conservation des oiseaux (RCO) au Canada. Dans ces stratégies, une espèce est identifiée comme étant prioritaire pour une ou plusieurs des raisons suivantes :
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