Au Canada, le Guillemot marmette se reproduit au Canada atlantique principalement, mais aussi en plus petits nombres dans la zone côtière de la Colombie-Britannique. Les tendances d’effectif varient d'une colonie à l'autre, mais, dans l'ensemble, la population canadienne semble avoir augmenté depuis 1970, particulièrement sur la côte atlantique (Wilhelm et al. 2015a). L’espèce n’est chassée que par des résidents de Terre-Neuve-et-Labrador et par des peuples autochtones. Les prises ont diminué de façon importante depuis que cette chasse est réglementée et ne dépassent pas aujourd’hui le niveau de récolte soutenable maximum établi. Les Guillemots marmettes sont très vulnérables aux pêches au filet maillant et à la pollution par les hydrocarbures; ces deux activités humaines causent une mortalité importante chez les guillemots. Cette espèce a été identifiée comme étant une priorité de conservation et/ou d’intendance dans une ou plusieurs stratégies régionales de conservation des oiseaux au Canada.
La capture accidentelle d’oiseaux de mer dans les pêches commerciales est un important problème de conservation, les Guillemots marmettes constituant la majorité des captures d’oiseaux signalées dans les pêches au filet maillant. Dans le Pacifique, les filets maillants utilisés pour le saumon tuent encore beaucoup d’oiseaux (Ellis et al. 2013). Au Canada atlantique, la fermeture de la pêche à la morue a entraîné une très forte réduction de la mortalité d’oiseaux dans les filets maillants et a eu un effet mesurable sur la population du Guillemot marmette (Regular et al. 2013). Néanmoins, la mortalité due à l'empêtrement dans des filets est toujours importante (Gaston et al. 2009). La prédation d’œufs et de poussins et/ou l’abandon de nids par suite d’un dérangement, liés à la réduction de la glace de mer qui force les ours bancs à rechercher des proies de rechange à terre, sont de plus en plus préoccupants (Kuletz et al. 2017, et références y incluses). Les guillemots sont également très vulnérables à la pollution chronique et accidentelle par les hydrocarbures. Les taux de mazoutage au large des côtes de Terre-Neuve ont déjà été parmi les plus élevés au monde (Wiese et Ryan 1999), mais ils ont diminué depuis les années 2000 (Wilhelm et al. 2009). Cependant, en raison de l'augmentation de l'activité pétrolière au Canada atlantique, les risques de pollution accidentelle par les hydrocarbures sont élevés. Les guillemots continuent d’être chassés par des résidents de Terre- Neuve- et- Labrador, ainsi que par des peuples autochtones, mais les prises ont diminué de façon importante depuis la réglementation de cette chasse en 1994 et sont aujourd’hui nettement inférieures aux niveaux de récolte soutenable maximums établis. Dans les dernières années (2013-2017), de 20 000 à 40 000 Guillemots marmettes ont été récoltés chaque année à Terre-Neuve-et-Labrador.
Environnement et Changement climatique Canada et ses partenaires ont mis au point des Stratégies régionales de conservation des oiseaux dans chacune des Régions de conservation des oiseaux (RCO) au Canada. Dans ces stratégies, une espèce est identifiée comme étant prioritaire pour une ou plusieurs des raisons suivantes :
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