La Mésange à tête brune est une espèce commune et répandue dans la forêt boréale canadienne. Le Recensement des oiseaux de Noël et le Relevé des oiseaux nicheurs couvrent principalement la partie sud de l'aire de répartition de l'espèce. Les résultats indiquent que cette partie de la population a peu changé depuis environ 1970. Cette espèce a été identifiée comme étant une priorité de conservation et/ou d’intendance dans une ou plusieurs stratégies régionales de conservation des oiseaux au Canada.
La Mésange à tête brune peut constituer un indicateur important de la santé et de la stabilité de la forêt boréale. L'exploitation des forêts de conifères représente une menace pour cette espèce, même si elle est moins vulnérable qu'on ne l'a déjà vu, car la Mésange à tête brune ne se limite pas totalement à la forêt mature pendant la saison de reproduction (Boreal Songbird Initiative). En outre, son affinité pour les forêts à sol pauvre peut la tenir à l'écart des activités forestières dans certains secteurs (Ficken et al. 1996). En revanche, les chercheurs émettent de plus en plus fortement l'hypothèse selon laquelle l'habitat offert par la forêt mature pourrait être essentiel à la survie des populations locales en hiver (Boreal Songbird Initiative, Hadley et Desrochers 2008). Ils soulignent ainsi des objectifs importants pour la conservation que constitue la préservation d'un habitat d'hivernage adéquat.
Environnement et Changement climatique Canada et ses partenaires ont mis au point des Stratégies régionales de conservation des oiseaux dans chacune des Régions de conservation des oiseaux (RCO) au Canada. Dans ces stratégies, une espèce est identifiée comme étant prioritaire pour une ou plusieurs des raisons suivantes :
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