Les Macareux moines se rassemblent principalement en de vastes colonies de reproduction sur des îles situées au large du Canada atlantique. Ils ont fait l'objet de chasses excessives au XIXe siècle et au début du XXe siècle, mais les populations ont quelque peu retrouvé l'abondance et la répartition qui les caractérisaient auparavant. Les tendances de la population varient d'une colonie à l'autre mais en général, la population au Canada connaît une croissance modérée de l'abondance depuis 1970 environ. Bien que les tendances de la population soient généralement positives, l'espèce est vulnérable aux prises accessoires au cours de la pêche et aux autres menaces d'origine anthropique; une surveillance continue est justifiée pour cette espèce charismatique. Cette espèce a été identifiée comme étant une priorité de conservation et/ou d’intendance dans une ou plusieurs stratégies régionales de conservation des oiseaux au Canada.
Avant les années 1990, de nombreux Macareux moines se noyaient dans des filets de pêche de surface ou submergés aux alentours de Terre-Neuve. Cette forme de prise accidentelle a considérablement diminué car la pêche commerciale du saumon et de la morue est restreinte actuellement (Lowther et al. 2002). L'augmentation de l'exploitation pétrolière au Canada atlantique peut présenter un risque pour l'espèce à cause de la pollution chronique ou accidentelle par les hydrocarbures (Lowther et al. 2002). Les jeunes Macareux moines qui quittent leur colonie la nuit sont attirés par les établissements humains côtiers voisins où ils risquent la mort ou des blessures; il est donc important d’atténuer la pollution lumineuse près des colonies (Wilhelm et al. 2013). Des perturbations du réseau trophique marin ainsi que des augmentations des effectifs de goélands prédateurs ont eu des conséquences respectivement sur la reproduction et la survie (Gaston et al. 2009) et méritent une surveillance continue.
Environnement et Changement climatique Canada et ses partenaires ont mis au point des Stratégies régionales de conservation des oiseaux dans chacune des Régions de conservation des oiseaux (RCO) au Canada. Dans ces stratégies, une espèce est identifiée comme étant prioritaire pour une ou plusieurs des raisons suivantes :
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