La Sterne arctique a une vaste aire de reproduction, allant du Canada atlantique à l'Extrême-Arctique, et elle utilise des milieux marins et des milieux d'eau douce. Il existe peu de données de suivi pour la majorité de son aire de reproduction, de sorte que l’état de la population canadienne demeure inconnu. Toutefois, des observations indiquant des baisses d’effectif dans l'Arctique canadien soulèvent des inquiétudes. Cette espèce a été identifiée comme étant une priorité de conservation et/ou d’intendance dans une ou plusieurs stratégies régionales de conservation des oiseaux au Canada.
Historiquement, la récolte intensive d'œufs de Sternes arctiques à des fins de subsistance pourrait avoir contribué à des baisses d’effectif chez cet oiseau au voisinage de certaines collectivités nordiques, mais on ne sait pas si cette activité a des effets à l’échelle de la population (Hatch 2002). Au Canada atlantique, les menaces actuelles pesant sur l’espèce comprennent les aménagements dans les zones côtières, qui limitent le nombre d’îles disponibles pour la nidification, ainsi que les modifications des écosystèmes côtiers et des réseaux trophiques locaux (Gaston et al. 2009). Plusieurs communautés Inuits ont signalé des baisses récentes dans l’Arctique canadien qui sont plus difficiles à expliquer par rapport au développement côtier. Ces déclins pourraient témoigner de problèmes rencontrés par la Sterne arctique le long de sa longue route migratoire et dans son aire d’hivernage.
Environnement et Changement climatique Canada et ses partenaires ont mis au point des Stratégies régionales de conservation des oiseaux dans chacune des Régions de conservation des oiseaux (RCO) au Canada. Dans ces stratégies, une espèce est identifiée comme étant prioritaire pour une ou plusieurs des raisons suivantes :
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