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Le Petit pingouin se reproduit dans le Canada atlantique et le golfe du Saint-Laurent; de plus petits nombres d'individus atteignent le littoral du Bas-Arctique au Nunavut et au Nunavik. Des relevés effectués dans les colonies de nidification ont enregistré des hausses importantes de l'abondance de la population depuis 1970 environ. Au cours des dernières décennies, les réductions des prises accessoires liées à la pêche ont peut-être agi comme un facteur favorisant ces hausses. Cette espèce a été identifiée comme étant une priorité de conservation et/ou d’intendance dans une ou plusieurs stratégies régionales de conservation des oiseaux au Canada.
Les Petits pingouins sont susceptibles de s'empêtrer dans les engins de pêche, en particulier dans les filets maillants. Le moratoire sur la pêche au poisson de fond ainsi que la fermeture, par la suite, de nombreuses pêches au filet maillant dans le Canada atlantique ont probablement profité à l'espèce (Benjamins et al. 2008). De même, la fermeture de la pêche du saumon de l'Atlantique au filet maillant le long de la côte nord du golfe du Saint-Laurent, au Québec pourrait avoir contribué aux augmentations de l'abondance observées à cet endroit depuis les années 1990 (Lavers et al. 2009). Cependant, le fait que l'aire de reproduction du Petit pingouin empiète sur l'exploitation pétrolière qui s'intensifie est une préoccupation potentielle.
Environnement et Changement climatique Canada et ses partenaires ont mis au point des Stratégies régionales de conservation des oiseaux dans chacune des Régions de conservation des oiseaux (RCO) au Canada. Dans ces stratégies, une espèce est identifiée comme étant prioritaire pour une ou plusieurs des raisons suivantes :
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