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La Paruline à flancs marron est répandue et abondante dans toute son aire de reproduction au Canada. Le Relevé des oiseaux nicheurs indique que la population montre une diminution modérée depuis environ 1970. Toutefois, cette espèce a profité de la création d'habitats de première succession à la suite d'activités considérables d'aménagement des forêts dans l'ensemble de son aire de reproduction et est probablement beaucoup plus commune aujourd'hui qu'avant les années 1800 (Byers et al. 2013). Cette espèce a été identifiée comme étant une priorité de conservation et/ou d’intendance dans une ou plusieurs stratégies régionales de conservation des oiseaux au Canada.
La Paruline à flancs marron n’est pas confrontée à un grand nombre de menaces dans ses aires de reproduction. Sa densité est maximale dans les arbustaies (Byers et al. 2013).
Environnement et Changement climatique Canada et ses partenaires ont mis au point des Stratégies régionales de conservation des oiseaux dans chacune des Régions de conservation des oiseaux (RCO) au Canada. Dans ces stratégies, une espèce est identifiée comme étant prioritaire pour une ou plusieurs des raisons suivantes :
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