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La Mésange à tête noire est l'une des espèces les plus répandues qui réside toute l'année au Canada, nichant dans les forêts nordiques jusque dans les parcs du sud des zones suburbaines. Le Relevé des oiseaux nicheurs indique une augmentation modérée à long terme des populations au Canada depuis 1970. Cependant, au niveau régional, les deux régions avec la plus forte abondance relative indiquent des tendances différentes; dans l’ouest la population de la Colombie-Britannique a connu une diminution modérée ou importante, alors que la population de l’est a connu l’augmentation la plus importante.
On pense que la Mésange à tête noire a bénéficié de la déforestation pour l'agriculture et de la prolifération des mangeoires et des nichoirs (Smith 1993). Toutefois, l'élimination des chicots et du bois mort réduit la disponibilité de sites de nidification, ce qui pourrait avoir une incidence négative sur l'espèce dans certaines régions (Smith 1993). Des travaux ont montré une corrélation entre les déclins récents de la population de mésanges qui correspondent à l'apparition et à la propagation du virus du Nil occidental en Amérique du Nord en 1999 (LaDeau et al. 2007), mais ceci ne semble pas avoir affecté la population à long terme.
Environnement et Changement climatique Canada et ses partenaires ont mis au point des Stratégies régionales de conservation des oiseaux dans chacune des Régions de conservation des oiseaux (RCO) au Canada. Dans ces stratégies, une espèce est identifiée comme étant prioritaire pour une ou plusieurs des raisons suivantes :
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