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Le Macareux huppé se reproduit principalement en Alaska, mais quelque dizaines de milliers d'individus se reproduisent en colonies sur la côte de la Colombie-Britannique. Des relevés effectués au sein de la colonie la plus importante au Canada indiquent que l'abondance de la population est restée relativement inchangée depuis que la surveillance a commencé dans les années 1980. Comme pour bon nombre d'oiseaux de mer du Pacifique, les chances de reproduction du Macareux huppé dépendent des conditions variables du milieu marin : elles ont été parfois grandement influencées par la prédation exercée par les mammifères prédateurs qui ont été introduits. Cette espèce a été identifiée comme étant une priorité de conservation et/ou d’intendance dans une ou plusieurs stratégies régionales de conservation des oiseaux au Canada.
La mortalité causée par l'enchevêtrement dans les filets de pêche en haute mer était autrefois importante dans certaines zones de l'aire de répartition du Macareux huppé (Piatt et Kitaysky 2002, DeGange et al. 1993), mais d'autres menaces telles que l'introduction de prédateurs sont actuellement plus préoccupantes au Canada. Les rats entrent dans les terriers et ravagent les nids de macareux, tandis que des mammifères prédateurs de plus grande taille tels que le renard arctique ou le renard roux tuent de nombreux adultes dans les zones se trouvant au nord de l'aire de répartition de l'espèce. Des programmes de contrôle pour ces espèces ainsi que pour d'autres prédateurs qui ont été introduits sont en cours dans certaines îles de nidification de la Colombie-Britannique. Comme c'est le cas pour d'autres alcidés du Pacifique, les chances de reproduction du Macareux huppé est fonction des conditions du milieu marin qui influent sur l'abondance des proies et sur l'accès à ces proies (Gjerdrum et al. 2003), en particulier de petits poissons tels que le lançon du Pacifique Ammodytes hexapterus .
Environnement et Changement climatique Canada et ses partenaires ont mis au point des Stratégies régionales de conservation des oiseaux dans chacune des Régions de conservation des oiseaux (RCO) au Canada. Dans ces stratégies, une espèce est identifiée comme étant prioritaire pour une ou plusieurs des raisons suivantes :
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