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Le Harle huppé, largement réparti dans l’ensemble du Canada, se reproduit à des latitudes pouvant atteindre 75° N. On pense qu’il s’agit de l’un des canards de mer les moins abondants au Canada. Il semble que la population nationale est en croissance. Toutefois, l’état et les tendances de sa population sont difficiles à déterminer puisqu’il est difficile de distinguer les trois espèces de harles durant les inventaires aériens. De plus, sa nature discrète, l’éloignement de certains de ses lieux de nidification et de sa nidification dans des cavités d’arbres complique les inventaires de cette espèce. Cette espèce a été identifiée comme étant une priorité de conservation et/ou d’intendance dans une ou plusieurs stratégies régionales de conservation des oiseaux au Canada.
L’écologie du Harle huppé a été peu étudiée et demeure mal connue en Amérique du Nord. Cette espèce de sauvagine est peu prisée des chasseurs, et la récolte continentale n’est pas bien estimée. De façon générale, les harles ne font pas l’objet d’une forte récolte. Au Canada, ils sont chassés principalement dans les provinces de l’Atlantique, au Québec et en Ontario.
Environnement et Changement climatique Canada et ses partenaires ont mis au point des Stratégies régionales de conservation des oiseaux dans chacune des Régions de conservation des oiseaux (RCO) au Canada. Dans ces stratégies, une espèce est identifiée comme étant prioritaire pour une ou plusieurs des raisons suivantes :
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