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Le Bruant de Nelson se reproduit dans trois zones distinctes du Canada : les marais salés sur la côte du Québec et des provinces des Maritimes, les marais côtiers du sud de la baie d'Hudson et de la baie James, et les marais à végétation graminée dans les provinces des Prairies (Shriver et al. 2011). La tendance de la population canadienne depuis 1970 environ peut être décrite comme une croissance modérée, bien que la précision des résultats soit faible. La responsabilité du Canada quant à la conservation de cette espèce est très élevée, car on estime qu'il représente 87 % de la population nicheuse mondiale. Le Bruant de Nelson a été évalué comme étant Non en péril au Canada en 1998 par le Comité sur la situation des espèces en péril au Canada (COSEPAC). Cette espèce a été identifiée comme étant une priorité de conservation et/ou d’intendance dans une ou plusieurs stratégies régionales de conservation des oiseaux au Canada.
Le manque de données de surveillance fiables pour cette espèce fait qu'il est difficile de déterminer la situation de la population et d'évaluer les préoccupations en matière de conservation. La principale menace qui pèse sur le Bruant de Nelson au Canada, en particulier dans la région de l'Atlantique, est la perte de vastes zones marécageux non perturbées dont l'espèce a besoin pour se reproduire (Erskine 1992, Shaffer et al. 1990, Shriver et al. 2011).
Environnement et Changement climatique Canada et ses partenaires ont mis au point des Stratégies régionales de conservation des oiseaux dans chacune des Régions de conservation des oiseaux (RCO) au Canada. Dans ces stratégies, une espèce est identifiée comme étant prioritaire pour une ou plusieurs des raisons suivantes :
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