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Le Faucon émerillon est une espèce courante et répandue dans les forêts ouvertes du Canada. Au cours des 30 dernières années, il est devenu plus répandu en milieux urbains (Warkentin et al. 2005). Le Relevé des oiseaux nicheurs indique que les populations canadiennes de cette espèce ont augmenté de plus de 250 % depuis 1970 environ. À l'heure actuelle, il semble y avoir peu de menaces pour la conservation de l'espèce. Cette espèce a été identifiée comme étant une priorité de conservation et/ou d’intendance dans une ou plusieurs stratégies régionales de conservation des oiseaux au Canada.
Les populations du Faucon émerillon ont probablement été réduites par les pesticides organochlorés utilisés dans les années 1950 et 1960, et les augmentations de populations observées depuis pourraient représenter un retour aux niveaux antérieurs (Warkentin et al. 2005). Les menaces semblent actuellement peu nombreuses, bien que la perte d'habitat, la destruction des brise-vents et des vieux sites agricoles en particulier, pourrait entraîner des changements ou des pertes de population au niveau local (Warkentin et al. 2005).
Environnement et Changement climatique Canada et ses partenaires ont mis au point des Stratégies régionales de conservation des oiseaux dans chacune des Régions de conservation des oiseaux (RCO) au Canada. Dans ces stratégies, une espèce est identifiée comme étant prioritaire pour une ou plusieurs des raisons suivantes :
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