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Les Macareux moines se rassemblent principalement en de vastes colonies de reproduction sur des îles situées au large du Canada atlantique. Ils ont fait l'objet de chasses excessives au XIXe siècle et au début du XXe siècle, mais les populations ont quelque peu retrouvé l'abondance et la répartition qui les caractérisaient auparavant. Les tendances de la population varient d'une colonie à l'autre mais en général, la population au Canada connaît une croissance modérée de l'abondance depuis 1970 environ. Bien que les tendances de la population soient généralement positives, l'espèce est vulnérable aux prises accessoires au cours de la pêche et aux autres menaces d'origine anthropique; une surveillance continue est justifiée pour cette espèce charismatique. Cette espèce a été identifiée comme étant une priorité de conservation et/ou d’intendance dans une ou plusieurs stratégies régionales de conservation des oiseaux au Canada.
Avant les années 1990, de nombreux Macareux moines se noyaient dans des filets de pêche dérivants et des filets de pêche calés aux alentours de Terre-Neuve. Cette forme de prise accessoire a considérablement diminué car la pêche commerciale de saumons et de morues est restreinte actuellement (Lowther et al. 2002). L'augmentation de l'exploitation pétrolière dans le Canada atlantique peut présenter un risque pour l'espèce à cause de la pollution chronique ou accidentelle par les hydrocarbures; cependant, les Macareux moines peuvent être moins vulnérables que certains autres oiseaux de mer (Lowther et al. 2002). Les jeunes Macareux moines qui s’éloignent de leur colonie la nuit sont attirés par les établissements humains côtiers voisins où ils risquent la mort ou des blessures; il est donc important d’atténuer la pollution lumineuse près des colonies (Wilhelm et al. 2013). Des perturbations du réseau trophique marin ainsi que des augmentations de l'abondance d'espèces de goéland prédatrices ont eu des conséquences sur la reproduction et la survie respectivement (Gaston et al. 2009) et méritent un suivi continu.
Environnement et Changement climatique Canada et ses partenaires ont mis au point des Stratégies régionales de conservation des oiseaux dans chacune des Régions de conservation des oiseaux (RCO) au Canada. Dans ces stratégies, une espèce est identifiée comme étant prioritaire pour une ou plusieurs des raisons suivantes :
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